Auxiliado pelo dr. Baxter Stockman (Tyler Perry), o Clã do Pé planeja libertar o vilão Destruidor (Brian Tee) exatamente quando ele é transferido para a prisão. Após o plano de resgate ser descoberto por April O'Neal (Megan Fox), as tartarugas ninja entram em ação para impedi-lo, só que fracassam graças à iniciativa de Krang, um ser alienígena que planeja invadir a Terra. Para enfrentá-los, as tartarugas contam com a ajuda de um novo combatente: Casey Jones (Stephen Amell), um policial que estava no camburão que conduzia o Destruidor quando conseguiu escapar.